L'ancien toponyme grec de l'île était Hierà Nésos (Ἱερά νῆσος), qui signifie « île sacrée ». Le nom actuel dérive très probablement de Maritima, le nom latin de l'île.

Certains chercheurs suggèrent que l’origine du nom réside dans la présence abondante de thym sauvage. Cependant, ce n'est pas la seule espèce d'herbe qui pousse spontanément sur l'île, dont le climat très particulier a contribué au développement d'une flore extraordinaire ; c'est pourquoi l'origine du nom est donnée par la mer fabuleuse et le thym de Marettimo.

Marettimo a toujours représenté une escale importante pour tous les peuples qui traversaient la Méditerranée pour commercer ou conquérir, et son histoire est une succession d'invasions.

L'île a la forme approximative d'un quadrilatère, forme ressentie et établie par les peuples anciens qui y vivaient.

Marettimo est le plus montagneux des Egades, son plus haut sommet, le Mont Falcone, dépasse les 687 mètres d'altitude.

Vers l'ouest, la montagne est plus abrupte, différente de celle de l'est où domine le village pittoresque avec ses 600 habitants, pour la plupart des pêcheurs très qualifiés et honnêtes.

En plus du célèbre Pizzo Falcone, l'île possède d'autres sommets tels que le Pizzo Campana à 600 m ; la dentelle Scaturro 550 m.; Mont Lissandro (où se trouvent les restes du bâtiment qui, il y a de nombreuses années, s'appelait feu de circulation) 551m.; le Pizzo dello Spalmatore avec son très haut mur et enfin le mont Castiglio.

Les magnifiques sommets, de tous côtés, nous offrent le spectacle de vues magnifiques qui, par temps exceptionnel, s'étendent jusqu'à Pantelleria, Marsala, le groupe des Egades et le Mont Cofano (TP).

Depuis l'Antiquité, il y a eu de nombreuses grottes, celles qui existent sur le côté ouest étaient un refuge pour le phoque moine, aujourd'hui disparu des eaux siciliennes il y a une quarantaine d'années. Il est revenu à Marettimo en 2013, en effet, en descendant de l'hydroptère, vous pourrez admirer une petite sculpture représentant deux phoques moines romantiques pour rappeler le retour de ces merveilleuses créatures dans les eaux de Marettimo.